新疆医科大学附属肿瘤医院成立于1989年；1993年新疆维吾尔自治区肿瘤防治研究所院所合一。2004年批准为新疆医科大学第三临床医学院及新疆维吾尔自治区肿瘤防治中心。新疆医科大学附属肿瘤医院是自治区癌症中心，是中山大学肿瘤防治中心新疆中心，是中山大学孙逸仙纪念医院逸仙乳腺肿瘤医院新疆医院，是新疆唯一一所集医教研防于一体的三级甲等肿瘤专科医院。

医院现开放床位1650张，设40个临床科室，16个医技科室和34个职能单元。在岗职工2130人，其中高级专业技术人员304人，硕士及以上学位698人，博士生导师29人，硕士生导师89人。享受国务院政府特殊津贴专家9人，入选国家百千万人才工程1人，自治区有突出贡献专家6人，院级名医29人，单病种首席专家7人，学科带头人13名，学术带头人38名。

2021年医院荣获“全国五一劳动奖状”。2020年医院获评自治区党建工作“标杆院系”。目前，医院有教育部高校“双带头人”教师党支部书记工作室1个、自治区高校“双带头人”教师党支部书记工作室3个、自治区党建工作“样板支部”1个。

医院拥有人社部博士后科研工作站，国家级住院医师规范化培训基地（含10个专业基地），教育部省部共建重点实验室，科技部新疆肿瘤学国际合作研究中心，新疆肿瘤学重点实验室，中国医学科学院（院外）肿瘤免疫与放疗研究重点实验室，国家药物临床试验机构。

新疆特高发肿瘤生物样本库始建于2010年12月，获自治区、乌鲁木齐市平台建设项目资助建设，并参与两项科技部国家重点研发计划项目，于2016年获国家遗传资源收集、保藏行政许可，已按照国际规范化的样本采集原则保存、收藏各类肿瘤样本资源二十万份。肿瘤样本资源库为科技部国家重点研发计划、国家自然科学基金等项目提供重要的样本资源支持。

医院拥有临床医学（肿瘤学）博士学位授权点，肿瘤学硕士学位授权点，是自治区肿瘤学重点学科，承办麻醉学、医学影像学、医学检验技术、医学影像技术等本科专业。医学检验技术专业获批国家级一流本科专业建设点，麻醉学专业、医学影像学专业获自治区级一流本科专业建设点。

医院是国家级肿瘤学、妇科临床重点专科建设单位，拥有国家级临床医学工程研究基地（1个），自治区级临床重点专科（8个），自治区级临床重点专科建设项目（3个），自治区级专业质量控制中心（5个）（包括乳腺癌专业、子宫颈癌专业、肿瘤放射治疗专业及医疗器械应用等），自治区级专业护士培训基地（1个）。

近日，恒瑞医药联合新疆医科大学附属肿瘤医院消化内科成功开展了“卡瑞利珠单抗联合阿帕替尼治疗晚期食管鳞癌的疗效及安全性研究”，济世云医为其提供智能临床研究电子数据采集服务。